A economia de Pacajus tem como base a agricultura tal como o cultivo da mandioca com um grande apoio da associação dos produtores de mandioca e amido de Pacajus localizada em Pauliceia, que abrange todo estado do Ceará e principalmente o cultivo do caju um grande protagonista da cidade, em conjunto com comércio, indústria e turismo.
Pacajus está situado numa das zonas industriais mais dinâmicas do Ceará. Junto com o município vizinho de Horizonte forma um complexo industrial que emprega grande parte da mão de obra destes dois municípios e outros circunvizinhos. O turismo é intenso, devido aos recursos naturais e aos eventos culturais, como o carnaval.